Celková politická situácia v Indonézii je relatívne stabilná, ale medzinárodné a vnútropolitické udalosti môžu vyvolať verejné protesty a nepokoje, pri ktorých hrozí riziko násilia. V prípade demonštrácií, protestných a politických zhromaždení je potrebné sa vyhýbať miestam ich konania a riadiť sa pokynmi bezpečnostných a policajných zložiek. Zvýšenú opatrnosť odporúčame aj počas sviatkov: Vianoce, Nový rok, Čínsky Nový rok, Nyepi (balinézsky nový rok), Veľká noc a Deň nezávislosti (17. august).
V Indonézii je naďalej prítomné riziko terorizmu. Bezpečnostné zložky Indonézie a spravodajské služby iných štátov upozorňujú na potenciálne nebezpečenstvo ďalších teroristických útokov, osobitne proti štátnym inštitúciám, cudzincom a objektom navštevovanými resp. vlastnenými cudzincami alebo zahraničnými firmami. Zvýšené nebezpečenstvo trvá v niekoľkých provinciách Indonézie, kde sa okrem terorizmu odohrávajú náboženské a separatistické konflikty.
Je možné pozorovať prípady náboženskej intolerancie, nielen vo vzťahu ku kresťanom, ale aj medzi vetvami a sektami islamu. Silnejúci islamský konzervativizmus je badateľný najmä v tradičných silných moslimských územiach ako je napr. provincia Aceh (čoraz dôraznejšie uplatňovanie tradičného islamského práva – šaríje). Násilnosti, resp. konflikty hrozia aj v Palu, Poso a Tentane na súostroví Sulawesi (Celebes), v Ambone na súostroví Maluku (Moluky) a v Papue (zrážky medzi Hnutím za slobodnú Papuu a ozbrojenými zložkami).
Bežná kriminalita sa za ostatné roky pohybuje na rovnakej úrovni a je výsledkom vysokej miery chudoby a nezamestnanosti. Pretrváva vysoký počet ozbrojených vlámaní a prepadnutí, pri ktorých sa páchatelia dopúšťajú násilia a použitia strelných a sečných zbraní. Terčom trestných činov sú niekedy aj cudzinci, vrátane prepadnutí vo vozidlách verejnej dopravy, aj taxislužieb. Zvýšené riziko únosov cudzincov hrozí v lodnej preprave v oblasti Sulu a Celebes.
Prírodné podmienky - Indonézia sa nachádza na tzv. Tichooceánskom ohnivom prstenci - pásmo styku tektonických platní s častým výskytom zemetrasení (rôznej sily s možným následným výskytom tsunami). V Indonézii sa nachádza 127 aktívnych sopiek, ktorých erupciu nie je možné presne predpovedať a ktoré spôsobujú obmedzenia v leteckej preprave.
Rovnako každoročne na jeseň dochádza v Indonézii k vypaľovaniu lesných porastov a rašelinísk, ktoré spôsobujú dymový opar so zdravotnými a dopravnými implikáciami a regionálnym presahom (predovšetkým Singapur, Malajzia).
Zároveň sa Indonézia nachádza v tropickom klimatickom pásme, kde je treba počítať s prípadnými výskytmi zlých poveternostných podmienok, ktoré nie sú typické pre európsku klímu (obdobie dažďov, sucha). V období dažďov sú taktiež bežné prudké tropické lejaky spôsobujúce v mestách (vrátane Jakarty) a na vidieku povodne, zosuvy pôdy s materiálnymi a ľudskými škodami.