Medzi politické ciele vo vzťahu k Svätej stolici patrí prehlbovanie dialógu a obojstrannej spolupráce so zameraním na globálne politické otázky, hodnotový systém spoločnosti a ochranu ľudskej dôstojnosti, ale tiež podpora efektívnejšej spolupráce medzi štátom a Katolíckou cirkvou.

Veľvyslanectvo tiež analyzuje aktivity vatikánskej diplomacie, najmä na Blízkom východe, na Balkáne a v konfliktných zónach Afriky, ale aj v OSN a na ďalších medzinárodných fórach. Vo vzťahu k Zvrchovanému rádu maltézskych rytierov sa veľvyslanectvo sústreďuje najmä na spoločnú podporu medzinárodného práva, medzinárodné humanitárne aktivity a niektoré spoločné projekty na Slovensku.