Hlavným poslaním je zastupovať a chrániť záujmy Slovenskej republiky a jej občanov v krajinách pôsobnosti. Súčasne sa usilujeme o podporu a prehlbovanie bilaterálnych politických, ekonomických, kultúrnych a ďalších vzťahov s krajinami akreditácie. Dôležitou súčasťou pôsobenia veľvyslanectva je podpora a propagácia rozvoja vzájomného obchodu a investičných možností, ako i prezentovanie slovenskej kultúry.

Veľvyslanectvo Slovenskej republiky v Abuji diplomaticky a konzulárne pokrýva krajiny západnej Afriky. Okrem Nigérie má príslušnosť pre ďalších 17 štátov: Senegal, Gambia, Guinea, Sierra Leone, Libéria, Pobrežie Slonoviny, Ghana, Togo, Benin, Mali, Burkina Faso, Niger, Čad, Stredoafrická republika, Kamerun, Gabon, Rovníková Guinea.